Het Waterloopbos was van 1952 tot 1995 eigendom van het Waterloopkundig Laboratorium in Delft, dat hier een nevenvestiging had onder de naam Waterloopkundig Laboratorium "De Voorst". In 35 grote schaalmodellen van zeearmen en havens, zoals van de Deltawerken en de haven van Lagos, werden proeven gedaan om de invloed van waterbouwkundigewerken op de loop van het water te kunnen voorspellen. 

Uiteindelijk is het bos verlaten omdat computermodellen de plaats van schaalmodellen hebben ingenomen. Sommige proefopstellingen werden afgebroken. Het terrein is nu opengesteld voor publiek. Het bos is erg vochtig vanwege de vele proefopstellingen, waardoor er een speciale habitat is ontstaan. Na de verkoop van het terrein aan een vastgoedontwikkelaar als onderdeel van de privatisering van het Waterloopkundig Laboratorium in 1995 dreigde hier een bungalowpark met 1000 vakantiewoningen te worden aangelegd, maar de omwonenden en diverse natuurorganisaties verhinderden dit.